Τα πιο σημαντικά είδη της πτηνοπανίδας είναι:
- Ροδοπελεκάνος και αργυροπελεκάνος (Μπαμπούρι),
- Κορμοράνος (μεγάλο καραμπατάκι),
- Λαγκόνα (μικρό καραμπατάκι),
- Στακτοτσικνιάς (γκρίζος ψαροφάγος),
- Αργυροτσικνιάς & Λευκοτσικνιάς (άσπρος ψαροφάγος),
- Χουλιαρομύτα (κουταλάς),
- Φαλαρίδα (τσάγκα) κ.τ.λ.
Επίσης, στην ευρύτερη περιοχή υπάρχει μεγάλη ποικιλία αρπακτικών πουλιών, όπως: Βασιλαετός, Χρυσαετός, Θαλασσαετός, Κραυγαετός, Στικταετός, Τσίφτης, Φιδαετός, Ψαραετός κ.α.
Ιχθυοπανίδα
(Είδη λίμνης Κερκίνης και ποταμού Στρυμόνα)
Πλατάνα, Σαρδέλλα, Χέλι, Μπριάνα, Ιταλικό, Γριβάδι, Κοκκινοφτέρα, Γουλιανός, Πέρκα, Ασπρόψαρο, Τσιρόνι, Γλήνι, κ.α.
Θηλαστικά περιοχής
Ζαρκάδι, Τσακάλι, Λύκος, Σκαντζόχοιρος, Αγριόγατα, Λαγός, Βίδρα, Λοβός, Αρουραίος, Κουνάβι, Νυφίτσα, Ποντικός, Τυφλοπόντικας, Αγριογούρουνο, Αλεπού κτλ.
Ένα άλλο χαρακτηριστικό του υγροβιότοπου της λίμνης Κερκίνης είναι ότι στην περιοχή υπάρχουν αγέλες από βουβάλια από τα ελάχιστα εναπομείναντα στην Ελλάδα.
Επίσης στην περιοχή υπάρχουν 10 τουλάχιστον είδη αμφίβιων (βάτραχοι, σαλαμάνδρες, τρίτωνες), 5 είδη σαλιγκαριών, 19 είδη ερπετών (σαύρες, φίδια, χελώνες) και μια τεράστια ποικιλία εντόμων. Όλα αυτά παίζουν σημαντικό ρόλο στις τροφικές αλυσίδες και συντελούν στο βιολογικό πλούτο της λίμνης.
Χλωρίδα
Ο μεγαλύτερος αριθμός φυτών συναντιέται στο Μπέλες και στα Κρούσια, επειδή στη γύρω της λίμνης περιοχή η έντονη ανθρώπινη δραστηριότητα έχει περιορίσει τον αριθμό των αυτοφυών ειδών. Ωστόσο η υδρόβια βλάστηση μέσα στη λίμνη παραμένει σημαντική. Χαρακτηριστικά είδη είναι: Το νεροκάστανο ή καρδίτσια, η πιπερίτσα, η άσπρη νεροκολοκυθιά ή νούφαρο και η κίτρινη νεροκολοκυθιά. Στις όχθες και τα κανάλια υπάρχουν κυρίως: καλάμια, βούρλα και ψάθι ή σάζι. Το παραποτάμιο δάσος στις εκβολές του Στρυμόνα αποτελείται κυρίως από βάγιες ή ιτιές, αρμυρίκια ή περένια και ένα ξένο είδος που μεταφέρθηκε από τη Βουλγαρία.
